پرورش میگو می‌تواند اثرات زیست‌محیطی قابل توجهی داشته باشد، اما راهکارهایی برای سازگار کردن آن با محیط زیست وجود دارد:
1. کاهش تخریب اکوسیستم‌های طبیعی: توسعه بی‌رویه مزارع پرورش میگو می‌تواند منجر به تخریب جنگل‌های حرا (مانگرو) شود که نقش حیاتی در حفاظت از سواحل و زیستگاه گونه‌های مختلف دارند . بنابراین، اجتناب از تبدیل این مناطق حساس به مزارع پرورش و انتخاب مکان‌های مناسب‌تر از اولویت‌های اصلی است.
2. بهبود مدیریت پساب و کاهش آلودگی: فعالیت‌های پرورش میگو می‌تواند منجر به افزایش مواد آلی و معدنی (مانند نیتروژن و فسفر) در آب‌های پیرامونی شود که ممکن است باعث شکوفایی جلبک‌های مضر گردد . استفاده از سیستم‌های تصفیه پساب و مدیریت صحیح ضایعات می‌تواند این آلودگی را کاهش دهد.
3. انتقال به سیستم‌های پرورش متراکم و کنترل‌شده: ترویج و گسترش استفاده از سیستم‌های پرورشی متراکم (مانند سیستم‌های بازیافت آب یا RAS) می‌تواند به کاهش اثرات زیست‌محیطی، کاهش بیماری‌ها و افزایش بهره‌وری کمک کند . این سیستم‌ها نیاز به زمین کمتری دارند و کنترل بیشتری بر شرایط آب و ضایعات امکان‌پذیر است.
4. مدیریت مسئولانه منابع آب: مصرف آب برای پرورش میگوها نیاز به مدیریت دقیق دارد تا از اتلاف و تأثیرات منفی بر منابع آبی محلی جلوگیری شود .
5. رعایت استانداردهای زیست‌محیطی: اجرای و نظارت بر استانداردهای زیست‌محیطی برای فعالیت مزارع پرورش میگو ضروری است تا از افزایش بی‌رویه پارامترهای آلاینده جلوگیری شود .
6. ارزیابی اثرات زیست‌محیطی (EIA): انجام مطالعات جامع اثرات زیست‌محیطی قبل از احداث مزارع بزرگ (مانند طرح‌های چند هزار هکتاری) برای درک تأثیرات بالقوه بر اکوسیستم‌های محلی (مانند تالاب‌ها و دریاها) و برنامه‌ریزی برای کاهش آن‌ها حیاتی است .
با وجود این، برخی منابع اشاره می‌کنند که روش‌های موجود پرورش میگو در برخی مناطق (مانند سواحل جنوبی ایران) ممکن است در مقایسه با سایر عوامل آلاینده، تأثیر مخرب مشخصی نداشته باشند ، اما این به معنای عدم نیاز به بهبود و حرکت به سمت روش‌های پایدارتر نیست. توسعه سریع و مداوم این صنعت بدون در نظر گرفتن ملاحظات زیست‌محیطی می‌تواند منجر به تحولات مضر برای محیط زیست و سلامت انسان شود .
