در محیط جوجه‌کشی بوقلمون‌ها، کنترل میکروب‌ها بسیار حیاتی است، زیرا این محیط می‌تواند شرایط مطلوبی برای رشد و گسترش میکروارگانیسم‌های مضر فراهم کند. برخی از میکروب‌های متداول در این محیط‌ها عبارت‌اند از:

1. سالمونلا: این باکتری از طریق تخم‌های آلوده می‌تواند به جوجه‌ها منتقل شود و مشکلات گوارشی جدی ایجاد کند.

2. استاف‌ اورئوس: این باکتری باعث عفونت‌های پوستی و زخم در جوجه‌ها می‌شود و از طریق تماس مستقیم یا تجهیزات آلوده منتقل می‌شود.

3. اشریشیا کولی: در محیط‌های مرطوب و غیربهداشتی رشد می‌کند و می‌تواند منجر به بیماری‌های گوارشی در جوجه‌ها شود.

4. باسیلوس: برخی گونه‌ها هاگ‌های مقاومی تولید می‌کنند که در محیط جوجه‌کشی زنده می‌مانند و ممکن است به جنین‌های در حال رشد آسیب برسانند.

5. انتروکوکوس: این باکتری در شرایط آلودگی بالا رشد می‌کند و می‌تواند باعث عفونت‌های داخلی در جوجه‌ها شود.

برای کنترل این میکروب‌ها، مدیریت صحیح بهداشت شامل تنظیم دما، رطوبت و تهویه، ضدعفونی منظم تجهیزات و اطمینان از کیفیت بهداشتی تخم‌ها ضروری است.