میکروبیولوژی در زمینه جوجه‌کشی و پرورش جوجه‌های بوقلمون شامل مطالعه و مدیریت میکروارگانیسم‌هایی است که می‌توانند بر سلامت و رشد جوجه‌ها تأثیر بگذارند. در فرآیند جوجه‌کشی، محیط به شدت کنترل می‌شود تا شرایط مطلوب برای رشد جنین و بازدهی بالاتر فراهم شود.
یکی از جنبه‌های مهم در این فرآیند، ضدعفونی دستگاه‌ها و محیط است تا از انتقال عوامل بیماری‌زا به تخم‌ها جلوگیری شود. همچنین، بهره‌گیری از پروبیوتیک‌ها در خوراک جوجه‌های تازه به دنیا آمده می‌تواند به تقویت سیستم ایمنی و بهبود سلامت روده‌ای آن‌ها کمک کند.
استفاده از تکنیک‌های تشخیصی مدرن برای شناسایی زودهنگام عوامل بیماری‌زا و مدیریت دقیق بهداشت سالن‌های پرورش نیز از اهمیت بالایی برخوردار است. این اقدامات نه تنها به حفظ سلامت جوجه‌ها کمک می‌کند بلکه منجر به افزایش کارایی و بهره‌وری در صنعت پرورش بوقلمون می‌شود.
