برای جلوگیری از آلوده کردن آب‌های اطراف توسط مزارع پرورش میگو، می‌توان از روش‌های مختلفی استفاده کرد:

1.  مدیریت پساب: کنترل و مدیریت پساب‌های خروجی از مزارع یکی از موارد حیاتی برای کاهش بار آلودگی است . این پساب‌ها می‌توانند حاوی مواد آلاینده و شیمیایی باشند که منابع آبی اطراف را آلوده می‌کنند .
2.  استفاده از سیستم‌های تصفیه: بررسی کارآیی لاگون‌ها در کاهش بار آلودگی پساب خروجی نشان داده است که می‌توانند مؤثر باشند . همچنین، آبزی‌پروری تلفیقی سطوح چندگانه غذایی یک راهکار برای مدیریت پساب است .
3.  بهبود کیفیت آب داخل استخر: مدیریت رسوبات و برداشت لجن در حین پرورش می‌تواند به کاهش حجم لجن و بهبود کیفیت آب پرورشی کمک کند . انتخاب روش‌های مناسب برای بهبود کیفیت آب نیازمند اطلاعات دقیق است .
4.  استفاده از راهکارهای زیستی: استفاده از محصولاتی مانند آکواران می‌تواند به کاهش آلودگی آمونیاک در آب استخر کمک کند و از تجمع این ماده سمی جلوگیری نماید .
5.  رویکردهای مبتنی بر طبیعت: احیای جنگل‌های ساحلی حرا می‌تواند به کاهش آلودگی پساب کمک کند .
6.  کنترل رشد جلبک: حذف جلبک‌های مرده و تعویض آب (در صورت تصفیه در حوضچه رسوب) می‌تواند به کاهش تراکم جلبک در حوضچه‌ها کمک کند .

با اجرای این روش‌ها می‌توان اثرات منفی پرورش میگو بر کیفیت آب اطراف را کاهش داد.